Ειδικότερα, εάν με την ηλεκτρονική υποβολή της δήλωσης φορολογίας εισοδήματος νομικού προσώπου/νομικής οντότητας προκύπτει πιστωτικό υπόλοιπο προς επιστροφή επειδή το ποσό του φόρου που προκαταβλήθηκε ή παρακρατήθηκε είναι μεγαλύτερο από τον οφειλόμενο φόρο, η επιπλέον διαφορά επιστρέφεται στο νομικό πρόσωπο ή τη νομική οντότητα από τη Φορολογική Διοίκηση, χωρίς να απαιτείται η υποβολή αίτησης. Ο φόρος επιστρέφεται από τη Φορολογική Διοίκηση κατόπιν κεντρικής αξιολόγησης με βάση κριτήρια ανάλυσης κινδύνου. Σύμφωνα με την απόφαση, η υποβολή αρχικών ή τροποποιητικών δηλώσεων φορολογίας εισοδήματος νομικών προσώπων και νομικών οντοτήτων, συνιστά άμεσο προσδιορισμό φόρου που προκύπτει χωρίς περαιτέρω ενέργεια, ταυτόχρονα με την υποβολή της φορολογικής δήλωσης, όταν αυτή υποβάλλεται ηλεκτρονικά. Σε περίπτωση που με την υποβολή των αρχικών ή τροποποιητικών δηλώσεων προκύπτει πιστωτικό υπόλοιπο προς επιστροφή, αυτό επιστρέφεται από τη Φορολογική Διοίκηση κατόπιν κεντρικής αξιολόγησης με βάση κριτήρια ανάλυσης κινδύνου, τα οποία δε δημοσιοποιούνται.

Για την αξιολόγηση των πιστωτικών δηλώσεων δεν απαιτείται υποβολή έγγραφου αιτήματος, καθόσον η δήλωση φορολογίας εισοδήματος επέχει θέση έγγραφου αιτήματος. Η αξιολόγηση υλοποιείται στο Ολοκληρωμένο Πληροφοριακό Σύστημα ELENXIS από την αρμόδια Διεύθυνση της Γ.Δ.ΗΛΕ.Δ, ανά μήνα, βάσει του χρόνου υποβολής των ως άνω δηλώσεων φορολογίας εισοδήματος. Στη συνέχεια, σύμφωνα με τη διαδικασία ο προϊστάμενος της υπηρεσίας που είναι αρμόδιος για την επιστροφή του φόρου ανακτά αμελλητί τα προ-αναφερόμενα αρχεία στο Ο.Π.Σ. ELENXIS και προβαίνει άμεσα και σε κάθε περίπτωση των 10 εργασίμων ημερών από την ανάκτηση των αρχείων χαρακτηρισμένων με την ένδειξη «ΑΜΕΣΗ ΕΠΙΣΤΡΟΦΗ» ή «ΚΑΤΟΠΙΝ ΕΛΕΓΧΟΥ» στις ακόλουθες ενέργειες κατά περίπτωση:

α. Για τις πιστωτικές δηλώσεις φορολογίας εισοδήματος νομικών προσώπων και νομικών οντοτήτων που περιλαμβάνονται στο αρχείο με την ένδειξη «ΑΜΕΣΗ ΕΠΙΣΤΡΟΦΗ», το οποίο αναρτάται στην αρμόδια ΔΟΥ παραλαβής της δήλωσης, ενεργεί πριν την επιστροφή.

β. Για τις πιστωτικές δηλώσεις φορολογίας εισοδήματος νομικών προσώπων και νομικών οντοτήτων, που περιλαμβάνονται στο αρχείο με την ένδειξη «ΚΑΤΟΠΙΝ ΕΛΕΓΧΟΥ», ο προϊστάμενος της υπηρεσίας που είναι αρμόδια για τον φορολογικό έλεγχο προβαίνει σε έκδοση εντολής ελέγχου εντός πέντε εργασίμων ημερών από την ημερομηνία που εμφανίζονται στο Ο.Π.Σ. ELENXIS ως «ΥΠΟΨΗΦΙΕΣ ΣΤΗ Φ.Ε.Υ.».

Κατά την επιστροφή του φόρου εισοδήματος νομικών προσώπων και νομικών οντοτήτων εφαρμόζονται οι διατάξεις περί αποδεικτικού ενημερότητας και συμψηφισμού των οφειλών σε εφορία και οργανισμούς κοινωνικής ασφάλισης.